（图文|信息 编辑|辛西 审核|李国亮）近日，我校陈洪教授领衔的人工智能与统计学习团队在CCF A级人工智能国际会议The 32nd International Joint Conference on Artificial Intelligence （IJCAI2023）发表题为“Generalization Bounds for Adversarial Metric Learning”的研究论文。该文章从人脸识别、信息检索等应用基础——度量学习出发，利用统计学习理论首次分析了成对样本的对抗学习算法的鲁棒性和泛化性，为相关应用...

图1  时滞神经网络的混沌动力学图2  主系统与从系统的状态分量演化图3  自适应增益的演化图4  不同自适应律下误差函数的演化​   （图文|辛西 编辑|信息 审核|张浩）近日，我校信息学院类脑计算与具身智能团队张浩副教授研究成果“Master–Slave Synchronization of Neural Networks With Unbounded Delays via Adaptive Method”在线发表于人工智能领域国际著名学术期刊IEEE Transactions on Cybernetics上。该工作主要解决了...

​南湖新闻网讯（通讯员 杨植全）近日，我校信息学院杨庆勇教授课题组在国际学术期刊Molecular Plant上发表题为“BnIR: a multi-omics database with various tools for Brassica napus research and breeding”的研究成果。该研究搜集并整合了甘蓝型油菜基因组、转录组、变异组、表观遗传、表型组和代谢组等6种组学数据，并构建出首个综合性的油菜多组学数据库—BnIR，为油菜遗传育种研究提供了重要的数据资源和分析平台。油菜...

   （图文|熊展坤  编辑|刘世超  审核|章文）近日，我校信息学院人工智能与知识发现团队以“Multi-relational Contrastive Learning Graph Neural Network for Drug-drug Interaction Event Prediction”为题的论文被国际人工智能领域会议AAAI-2023（The 37th AAAI Conference on Artificial Intelligence）录用。研究团队提出一种新的药物反应事件预测方法，解决了现有方法药物信息整合不全，罕见药物反应事件预测精度低的问题...

​   南湖新闻网讯（通讯员 刘通）近日，华中农业大学生命科学技术学院益生菌智造创新团队联合信息学院郑金水副教授在抗性基因传播方面的研究成果以“Enrofloxacin-induced transfer of multiple-antibiotic resistance genes and emergence of novel resistant bacteria in red swamp crayfish guts and pond sediments ”为题在Journal of Hazardous Materials上发表。本研究揭示了在抗生素压力下抗性基因（ARGs）的选择性扩...

​南湖新闻网讯（通讯员 谭增栋）11月7日，华中农业大学油菜团队联合生物信息团队在Genome Biology发表了题为“Comprehensive transcriptional variability analysis reveals gene networks regulating seed oil content of Brassica napus”的研究论文。该研究全面描述了油菜种子发育过程中转录组变异调控图谱，并结合机器学习与深度学习算法挖掘了油菜种子含油量调控新基因，研究结果为多倍体植物的不对称调控提供了借鉴。基...

   （图文|辛西  编辑|信息  审核|李国亮）染色质环（或染色质相互作用）是染色质结构的重要组成元素（图1）。染色质环的破坏与癌症、多指畸形等多种疾病有关。目前，ChIA-PET、HiChIP和PLAC-Seq等技术可用于检测特异性蛋白质介导的高分辨率染色质环。近年随着3D基因组研究的快速进展，ChIA-PET、HiChIP和PLAC-Seq的数据集不断积累，亟需对这些数据集进行有效的收集和处理。 图1. 染色质环（Chromatin loops）结构    近日，我...

​近日，华中农业大学信息学院、中国农科院棉花研究所生信中心以及新疆农垦科学院棉花所等多单位在国际权威学术期刊Nucleic Acids Research上联合发表了题为CottonMD: a multi-omics database for cotton biological study的研究论文。该研究通过搜集和整合棉花基因组、转录组、变异组、表观遗传、表型组和代谢组等6个组学的数据，构建出目前最为系统和全面的棉花多组学数据库，为棉花遗传育种研究提供了重要的数据资源和分析平...

分子模型显示E选择蛋白分别与sLex结合，与6’-sulfo-sLex相互排斥的机理分子模型指导的定向突变后E选择蛋白与6’-sulfo-sLex结合   （图文|辛西  编辑|信息  审核人|）10月3日，我校信息学院生物信息系青年教师王晓聪博士的研究成果“Computationally guided conversion of the specificity of E-selectin to mimic that of Siglec-8”在线发表于Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of Amer...

​   南湖新闻网讯（通讯员 赵伦 周强伟）近日，我校信息学院李国亮教授、植物科学技术学院赵伦教授联合南方科技大学朱健康团队在Genome Biology发表题为DNA methylation underpins the epigenomic landscape regulating genome transcription in Arabidopsis的研究论文。该研究利用DNA甲基化完全缺失的拟南芥五重突变体mddcc(met1 drm1 drm2 cmt2 cmt3)等材料、高效的eChIP-seq等技术和新开发的DNA甲基化分析方法，深入解析了D...

图1 欧洲芜菁ECD04的基因组和Hi-C交互图谱图2 CRA8.2.4位点抗根肿病的功能验证图3 根肿病抗性基因的系统发育树图4 芸苔属植物进化过程中根肿菌抗性基因的演化模型   南湖新闻网讯（通讯员 杨植全 江莹芬）近日，我校油菜团队张椿雨教授、杨庆勇教授课题组与沈阳农业大学朴钟云教授团队合作研究成果以“R gene triplication confers European fodder turnip with improved clubroot resistance”为题在Plant Biotechnology Journ...

DNA甲基化是目前已知的最稳定的表观遗传修饰，与细胞分化、发育、X染色体失活和癌症等有关。等位特异DNA甲基化（Allele-specific DNA methylation，ASM）是一种成熟的基因组印迹机制，可以调节印迹基因的表达。先前的研究已经证实，某些具有ASM的特殊区域是易感的【1】，并且与植物发育以及人类致癌密切相关【2-4】。2018年发表在Nature genetics上的研究表明ASM在肺癌和结直肠癌中可以作为有效的肿瘤标志物【5】。2020年发表在...

油菜产业集观赏、蜜源、生态、经济作物等多种功能于一身，是新兴的“全能选手”。围绕油菜，我国科学家近年来实现了从理论、技术、产品到转化的链式创新，推动了我国油菜基础研究与应用步入世界第一方阵。然而，如何将基础研究中长期积累的资源和多组学数据优势转化成育种优势，仍是当前乃至未来很长一段时期油菜遗传育种的核心研究内容之一。华中农业大学信息学院教授杨庆勇团队发布油菜群体变异数据库BnVIR，建立了甘蓝型油菜...

   南湖新闻网讯（通讯员 肖琴）近日，我校作物遗传改良国家重点实验室李兴旺和李国亮教授研究团队研究成果以“The landscape of promoter-centered RNA-DNA interactions in rice”为题在Nature Plants发表。研究开发了RNA-DNA交互技术（ChRD-PET），绘制了水稻染色质结合RNA与启动子的全基因组互作图谱， 揭示了R-loop中RNA种类多元性与来源多源性，并报道了RNA在染色质环和染色质拓扑结构域等不同层级结构中的交互特征。   ...

图1 Molecular Plant在线发表研究论文BnVIR: bridging the genotype-phenotype gap to accelerate mining of candidate variations for traits in Brassica napus​图2 BnVIR数据库主页、构建流程和概貌（http://yanglab.hzau.edu.cn/BnVIR）图3 使用BnVIR数据库验证/挖掘候选基因/变异的实例   （图文|杨植全  审核|杨庆勇）2月8日，我校生物信息团队杨庆勇教授课题组在国际学术期刊Molecular Plant在线发表题为“BnVIR: bridg...

​ChIA–PET analysis defines the RNAPII interactome in rice during a circadian cycle   南湖新闻网讯（通讯员 邓利）近日，我校作物遗传改良国家重点实验室李兴旺教授课题组研究成果以“Diurnal RNAPII-tethered chromatin interactions are associated with rhythmic gene expression in rice”为题在Genome Biology发表。研究绘制了水稻昼夜动态变化的高分辨率三维基因组图谱，系统阐释了昼夜动态变化的三维基因组结构对...

​   （图文|金炜炜  审核人|龚静）近日，我院龚静教授研究团队在《Nucleic Acids Research》杂志发表题为《Animal-eRNAdb: a comprehensive animal enhancer RNA database》的数据库文章。该文章对10种动物不同组织的增强子RNA（eRNA）进行了深入分析，发现了大量组织特异表达的eRNAs，并构建了在线数据库，方便其他研究者使用。龚静教授和上海复旦大学张朝教授为共同通讯作者，我院博士金炜炜和硕士蒋光辉为共同第一作者。   ...

​   （图文|刘东旭  审核|杨庆勇）近日，学院杨庆勇课题组联合新加坡国立大学Sung Wing-Kin课题组在国际知名期刊《Nucleic Acids Research》在线发表题为《Calling large indels in 1047 Arabidopsis with IndelEnsembler》的论文，开发出高性能的大片段插入删除变异（InDel）鉴定工具“IndelEnsembler”，使大片段InDel鉴定准确性由45%提高到84%。   遗传变异是指一个群体中个体之间DNA序列的差异，主要包括点突变（SNP/单核...

图1. 水稻DNA调控元件数据库RiceENCODE的框架结构图2. 水稻的染色质交互远程网络和浏览器截图   （图文|Mol Plant 辛西 审核人|李国亮）8月27日，Molecular Plant 在线发表了我院李国亮教授和生科院李兴旺教授团队联合发表的题为 RiceENCODE: a comprehensive epigenomic database as rice Encyclopedia of DNA Elements 的研究论文，报道了一个整合水稻多元表观基因组数据的数据库。该数据库基于团队此前发表的水稻20个品系参...

图1. ADEIP的界面和开发流程   南湖新闻网讯（通讯员|陈文博  审核人|何春江）近日，Briefings in Bioinformatics 在线发表了信息学院、生物医学与健康学院何春江课题组最新研究成果，该研究搭建了一个平台ADEIP，用于展示和检索年龄相关的基因表达和免疫图谱。   ADEIP包括来自GTEx计划中30个主要人体组织超过16000个样本的基因表达数据，这些样本来的年龄范围在20-80岁之间的捐赠者。该研究对不同年龄组的差异表达基因和基因...