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美国埃默里大学胡懿娟博士应邀作人体微生物组研究学术报告

发布日期:2021-09-12 发表者:陈治国 浏览次数:



   (图文|朱志贤、辛西  审核人|李国亮)9月9日上午,信息学院“Happy Hour”本学期第16期学术交流会在C314会议室举行。应我院李国亮教授邀请,美国埃默里大学生物统计学与生物信息学系副教授胡懿娟博士作了题为“It’s All Relative: Testing Differential Abundance in Compositional Microbiome Data”的学术报告。张红雨院长主持会议,学院多位老师与同学参加交流会。


   胡懿娟博士首先介绍了人体微生物组的概念。人体内部存在大量的、种类繁多的微生物,它们可参与人体消化和免疫等生理过程,而人体内微生物失衡则可能导致肥胖和炎症性肠病等疾病,因此这些微生物对人体健康极其重要。这些微生物的基因组组合在一起即形成人体微生物组,人体微生物组包含的基因数量是人类基因数目的100至200倍,是人类基因组的延伸。研究参与维持人类健康或引发疾病的微生物群落和特定类群的基因组,探索基于微生物组的疾病诊断和治疗工具正是胡懿娟博士从事人类微生物组研究的长期目标。


   随后,胡懿娟介绍了研究微生物组的方法:16S RNA测序的数据产生流程以及在统计学上的数据度量方法。微生物组数据具有复杂、稀疏、高维等特点,这些数据显示的是菌群的相对丰度,而不是绝对丰度。微生物组数据的这些特点给不同个体菌群的丰度比较带来挑战。为解决这一难题,胡懿娟博士组研究开发了一种逻辑回归方法:LOCOM  (A logistic regression model for testing differential abundance in compositional microbiome data) 来检验不同个体类群差异丰度。相较于现有方法,LOCOM可有效控制FDR,并拥有更高灵敏度。


   最后,胡懿娟介绍了LOCOM的统计思想和算法实现,展示了LOCOM在模拟数据集和真实数据集上的应用效果。她还向大家分享了自己在微生物组研究方向的研究思路和创新想法。


   报告结束,在场老师和胡懿娟博士进行热烈讨论。李立老师与胡博士探讨了将全基因组测序应用在微生物组研究上的想法;胡学海、牛晓辉老师与胡博士讨论了LOCOM在统计算法上的一些思路。在场同学也咨询了关于人体微生物代谢组学方面的问题,胡懿娟博士给出详细回答和建议。交流会在轻松自由交流环节中结束。