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范小英研究员作“基于单分子测序平台的单细胞多组学技术——探索新的组学奥秘”学术报告

发布日期:2023-11-21 发表者:陈治国 浏览次数:




   (文|陈星宇 编辑|信息 审核|李国亮)11月21日下午,受我院李国亮教授邀请,广州实验室基础研究部范小英研究员作客信息学院第17期“Happy Hour”,在一综B113会议室作了题为“基于单分子测序平台的单细胞多组学技术——探索新的组学奥秘”的学术报告,吸引了众多师生参与。


   范小英研究员首先介绍了单细胞测序技术的发展历程、三代测序在多种单细胞组学中的应用及其在当前研究中的必要性和优势。 随后报告介绍了单细胞三代测序在mRNA的同源异构体(isoform)检测中的应用。范小英指出通过二代测序平台很难准确检测同一基因的不同异构体,而利用SCAN-seq和HIT-scISOseq测序方法,通过长读长序列能准确高效识别胚胎中可变剪切造成的多种转录异构体。


   报告第二部分介绍了范小英研究员开发的SMOOTH-seq单细胞基因组单分子测序方法。该方法使用优化后的Tn5转座反应,结合HiFi测序模式,使得平均读长能够达到6kb,实现了对于基因组结构变异、染色体外环形DNA等多种分子事件的高精度检测,提高了单细胞基因组测序技术的适用范围。


   报告最后介绍了范小英课题组在SMOOTH-seq的基础上开发的名为scGTP-seq单细胞双组学技术,通过核质分离获得同一细胞的转录组和基因组测序数据,并针对TGS数据开发了一套名为ecDNAFinder的流程,从而有效识别ecDNA。


   报告结束,参会师生与范小英研究员进行了热烈讨论,李国亮教授、焦文标教授分别就癌症中ecDNA的研究和分析问题和单细胞三代测序在植物中的应用问题进行了深入探讨。


   与会师生对此次报告兴趣浓厚,范小英研究员的研究成果给单细胞领域带来多种新方法,也为单细胞测序方法及算法开发指引了新方向,报告在愉快的氛围中结束。