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柴皓曦作题为“ChIATAC is an efficient strategy for multi-omics mapping of 3D epigenomes from low-cell inputs”学术报告

发布日期:2023-07-06 发表者:陈治国 浏览次数:







   (图文|孙元辉 编辑|辛西 审核|李国亮)7月6日下午,信息学院“Happy Hour”2023年第7期学术交流会在一综B113会议室举行。受副院长李国亮教授邀请,浙江大学生命科学研究院柴皓曦博士作了题为“ChIATAC is an efficient strategy for multi-omics mapping of 3D epigenomes from low-cell inputs”的学术报告,吸引了众多师生参与。


   柴皓曦博士首先介绍三维基因组的研究背景、基本研究策略,通过具体实例描述解释ChIA-PET与Hi-C测序方法的不同,并指出当前ChIA-PET中存在的几个问题,包括:需要大量细胞用于文库构建、感兴趣的蛋白缺少相对应高质量抗体、部分位点存在染色质的多交互等。


   报告第1部分,柴皓曦博士基于染色质多交互为出发点,介绍ChIA-Drop技术在果蝇中的应用。ChIA-Drop技术是结合10x Genomics思想,通过将染色体复合物用液滴包裹,在每个液滴中进行Barcode标记以及序列扩增最后进行测序。通过ChIA-Drop技术,研究团队提出转录过程中“单侧拉伸”模型。


   报告第2部分,柴皓曦博士基于ATAC-seq能在少量细胞中应用为出发点,介绍ChIATAC技术的研发与应用。ChIATAC技术巧妙的将生物素连接与Tn5酶片段结合,实现在较低细胞中捕获开放染色质位点之间的相互作用。通过将ChIATAC技术运用到CD4+ T细胞的TCR激活过程,研究团队提出IL-2诱导的转录模型。


   最后,柴皓曦博士对ChIATAC技术在单细胞层面的应用做出设想,并展望未来有价值的研究方向与应用空间。


   报告引起参会师生极大兴趣,柴皓曦博士就研究策略、技术方法与大家进行深入交流探讨,报告在愉悦氛围中结束。