(图文|朱志贤 编辑|信息 审核|李国亮)3月13日下午,信息学院“Happy hour”年度第3期学术交流会在逸夫楼C314会议室举行。受副院长李国亮教授邀请,俄罗斯谢切诺夫大学Yuriy L. Orlov教授作了题为“基因网络重建与在线生物信息学工具”的学术报告。报告吸引了众多师生参与。
Yuriy L. Orlov教授首先介绍了谢切诺夫大学基本情况及近年来与中国学者在生物信息学领域开展的广泛合作。紧接着他介绍了使用在线生物信息学工具研究一系列复杂异质性疾病如癌症和精神障碍的最新进展。
Yuriy L. Orlov教授介绍道,他和学生在疫情期间通过使用在线生物信息学工具,例如GeneCards、GeneMANIA、STRING-DB、DAVID和PANTHER等,对癌症等复杂疾病的基因列表进行注释、重建基因网络和比较分析。通过分析关键基因在疾病基因网络中的位置,还可评估它们作为药物靶基因的可能性。Yuriy让学生独立完成这些任务并发表,以此来加深对生物信息学的理解。Yuriy教授团队重建了一系列肿瘤性疾病的基因网络,如胶质瘤、淋巴瘤和卡波西肉瘤等,研究表明基因网络重建是研究疾病进展机制的有效方法,这种方法已在俄罗斯谢切诺夫大学“基础生物信息学和数据库管理”课程中得到应用。
报告第二部分,Yuriy L. Orlov教授介绍了转录因子结合网络在植物生物信息学中的应用。Yuriy教授首先指出植物基因组转录调控分析中存在的问题,尽管植物拥有复杂分子调控机制和对环境胁迫的响应,但植物基因组转录调控仍然是一个研究不充分领域。实验技术确定的转录因子结合位点的数据量不断增加,但植物基因表达调控分析、转录因子靶基因预测及基因调控网络重建等植物基因组转录调控研究进展远不及哺乳动物。因此开发新的生物信息工具分析植物基因组中转录因子结合位点的位置和聚类、可视化及随后的统计估计是非常重要的。
为解决这一问题,Yuriy教授团队开发了一套分析多个转录因子结合位点规律的生物信息工具。利用这一工具,他们研究了3种进化距离较远的植物模式生物,并探讨了转录因子结合位点簇的统计估计在模式植物基因组中的应用,研究发现,在3种模式植物基因组中,不同转录因子每个结合簇中的数量分布都遵循相同幂律分布。这些研究成果为更深入解植物基因组调控机制提供了新思路和方法。
此次报告引起现场师生极大关注,Yuriy L. Orlov教授就研究结果与大家进行了交流探讨,会议在愉悦氛围中结束。
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