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“病毒整合检测”论坛在学院举行

发布日期:2019-06-12 发表者:陈治国 浏览次数:







   (图文|周怡 辛西)6月6日下午,“病毒整合检测”论坛在逸夫楼C314会议室举行。济宁医学院生物信息研究中心李伟阳博士,华中科技大学同济医学院附属同济医院吴鹏教授,我校曾玺副教授,美国佛蒙特大学陈勋博士等受邀与会,围绕“病毒整合与检测“为在场师生作了4场精彩报告。


   李伟阳博士从基因组学层面探讨了HPV、HBV病毒完全不一样的整合机制,并对HPV cccDNA直接产生整合的说法提出了质疑:病毒的闭合环状DNA分子到底为什么断裂值得思考。HPV的整合位点遍布人类基因组,可能是微同源性(MH)引起,而HBV具有明显分布特点,双链线性DNA分子(dsl-DNA)可能是其整合的主要原因。


   吴鹏教授简述了HPV在宫颈癌中的研究发展史,他的报告代表了临床医学研究者的观点与看法:“病毒整合检测”的理论研究服务于“病理临床检验”的实际操作才是最终目标。吴鹏表示,HPV疫苗的出现使宫颈癌死亡率大幅下降,而HPV在转阴或是癌变中发挥的作用仍值得研究,即:是否存在HPV相关某一标志物导致HPV感染再无转阴机会?


   曾玺副教授介绍了HPV整合的部分工作,着重聚焦于HBV在肝癌中的整合全景图谱。他从整合偏好出现的CpG区域、基因区域和脆性区域;整合与性别、肝硬化等表型的聚类;整合潜在的微同源性;癌症相关基因表达量变化及部分基因的生存预后等方面阐述了HBV整合在肝癌中的现象与潜在作用。


   陈勋博士介绍了新的病毒整合检测软件VIcaller。该软件可在构建完整的全病毒数据库中准确找到整合在宿主中的病毒片段,整合片段长度可短至70bp、长至7kbp。对于模拟数据与实际测序数据,陈勋博士展示了软件测试与比较的精彩分析,排除了病毒污染与癌症无关的非因果病毒,找到了整合病毒与病毒相关致癌基因。


   本论坛由信息学院副院长李国亮教授主持。记者在现场感受到,参会者积极提问,思想发生碰撞,对病毒整合的机制、检测方法等都有了更深理解,希望在将来的病毒整合检测中提供新的方案。