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美国康涅狄格州杰克逊实验室阮小安教授来我院作第三代单分子测序技术学术报告

发布日期:2015-09-11 发表者:辛西 浏览次数:

(图文|通讯员辛西)9月10日教师节,美国康涅狄格州杰克逊实验室的阮小安教授做客我院信息逸站,作了一场名为“SMRT sequencing for long reads, the feature, value and applications” 的学术报告,对第三代单分子测序技术的原理、构造和应用方面进行介绍。

阮小安教授首先为我们展示了杰克逊实验室最新的、由美国Pacific Biosciences公司发售的第三代测序仪PacBio RSII,并介绍了用这种仪器在杰克逊实验室所做的测序案例。PacBio测序仪用到的配件是SMRT Cell chip, 一个条带上可以放8个SMRT cell。每个SMRT Cell底部有150000个小孔,聚合酶锚定在测序芯片底部,每个孔有单分子DNA链在高速合成,用4种荧光标记4种dNTP,配合高分辨率的激光检测系统,能实时进行单分子测序。

与二代测序仪相比,PacBio的显著优势是测序长度超长,目前最长能达到60KB,弥补了二代测序在基因组组装中存在gap较多的缺点。其次,由于在文库准备阶段没有进行PCR扩增,所以PacBio能直接检测出序列中的碱基修饰。这使得直接进行甲基化测序变得容易。该技术对GC的偏向性小,并且测序速度快,上机时一秒可以测3个碱基。但也存在一些缺点,比如单次测序的碱基错误率较高。因为每次测序的错误是随机产生的,所以对单条序列进行多次测序后,可以通过统计来修正错误,降低错误率。另外,可以用Illumina平台的高准确度、高通量的短序列来校正PacBio的长序列。

随后,阮小安向大家介绍了PacBio测序仪的工作流程,包括样品的准备、文库的制备、引物的连接、Megabead捕获的过程和测序结果的呈现等等。同时强调了文库质量的重要性,文库质量决定了测序结果的好坏。最后介绍了第三代单分子测序技术的应用前景,如基于编码的多样本测序等。