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俄克拉荷马大学诺曼分校潘崇乐博士做客Happy hour作专题报告

发布日期:2023-02-10 发表者:陈治国 浏览次数:




   (图文|叶崇杭  编辑|辛西  审核|李立)2月9日上午,学院“Happy hour”2023年第1期交流会在逸夫楼C419会议室及Zoom平台同步举行。美国俄克拉荷马大学诺曼分校计算机科学学院微生物和植物学系潘崇乐副教授作了关于“Genome-resolved characterization of natural microbial communities in human gut and soil using population metagenomics and proteomic stable isotope probing”的学术报告。交流会由学院院长张红雨教授主持,信息学院多位教师和同学参与了交流。


   潘崇乐老师首先介绍了他做的第一项工作,通过宏基因组和蛋白质组学对人类肠道菌群的基因组解析,研究肠道菌群对遗传上T型1型糖尿病的易感儿童是否影响。研究分2部分,第一部分为基因组解析的宏基因组学方法分析数据,对reads作从头组装得到Scaffolds,分析其不同时期的丰度差异,Binning得到高质量的宏基因组组装数据(MAG)。再将MAG比对到基因组数据库中,得到其参考物种,对所有受试者分析,得到最常见的参考物种及其含量。并且在时间序列上进行了分析,根据婴儿的发育阶段,分析每个时间段的肠道菌群的分布。该研究不仅扩大了肠道菌群的分类范围,还在时间上分析了其主要菌群的变化。另一部分为通过蛋白质组学分析肠道菌群宏基因组预测的蛋白质编码序列,发现>50%受试者宏基因组中都编码了所有蛋白质家族含量2%的蛋白质家族,通过分析表明肠道菌群的蛋白质组由几个广泛分布的核心蛋白家族,并继续分析其功能,发育阶段分布变化等。最后分析胰岛自身抗体(IA)血清转化和肠道菌群的变化,分析其相关性,通过比较基因组学分析与IA正相关的某些MAG的功能特征。接着,潘崇乐简短地介绍了他第二项工作,通过稳定同位素探测土壤中的微生物群落的碳流动,进行基因组解析。


   报告结束,与会师生对微生物群落的基因组分析表现出浓厚兴趣,并与潘崇乐老师展开热烈讨论和深入交流。会议最后,张红雨老师和与会师生再次表达对潘老师的感谢,期待他在回国后能做客华农,进行深入学术交流。