刘建晓

姓名

刘建晓

性别



职称

副教授 博导

学位

博士

政治面貌

中共党员

邮箱

liujianxiao@mail.hzau.edu.cn

工作单位

华中农业大学 信息学院

研究方向

机器学习、数据挖掘、生物信息计算

主要职历


2016.12--至今 华中农业大学 信息学院 计算机科学系 副教授

2015.06--2020.12 华中农业大学 作物遗传改良国家重点实验室 博士后

2014.07--2016.12  华中农业大学 信息学院 计算机科学系 讲师

2012.07--2014.06  华中农业大学 理学院 计算机科学与技术系 讲师


科研成果


科研项目:

(1) 农业生物育种重大项目子课题,基于时序性深度学习的智能决选模型研究,编号2023ZD04076052023/12-2025/12,主持

(2) 湖北省自然科学基金面上项目,基于深度学习解析玉米染色质交互调控基因表达量的方法研究,编号2023AFB8322023/07-2025/06,主持

(3). 国家重点研发计划子课题,分子设计育种数据库和育种平台构建,编号2022YFD12015042022/12-2027/11主持

(4). 影子科技-华中农大健康食品产业研究院项目,猪蓝耳病等疾病的人工智能预测算法及平台开发,编号IRIFH2022092022/07-2025/06主持(子课题)

(5). 北京XXX有限公司研究项目,分子育种信息数据库和育种家可视化软件开发, 2022/10-2025/12主持(子课题)

(6). 国家自然科学基金重大研究计划项目,水稻、玉米和小麦产量共性性状的遗传网络解析,编号91935302,2020/01-2021/12,主持(子课题)

(7). 国家重点研发计划子课题,作物规模化基因鉴定与基因组育种技术平台-玉米生物组数据库的建设与应用,编号2016YFD0101001,2016/07-2021/06,主持

(8). 国家重点研发计划子课题,玉米优异种质资源形成与演化规律研究-基于MAGIC群体的玉米骨干亲本重要基因组区段遗传效应解析,编号2016YFD0100303,2016/07-2021/06,主持

(9). 国家自然科学基金青年项目,基于三阶段依赖分析的基因挖掘方法及其在玉米类胡萝卜素遗传解析中的应用,编号31601078, 2017/01-2019/12,主持

(10). 校自主科技创新基金,互联网+环境下融合多组学数据剖析玉米穗部性状的遗传基础,编号2662018JC030,2018/01-2020/12,主持

(11). 湖北省自然科学基金,基于贝叶斯网络的基因挖掘方法研究-以玉米穗部性状为例,编号2016CFB231,2017/01-2018/12,主持

(12). 江苏省网络监控工程中心开放基金,基于LDA的Web服务组织与选择方法,编号KJR1519,2015/07-2017/07,主持

(13). 企事业单位委托科技项目,长江上游珍稀特有鱼类保护数据扩展(子课题), 2016/04-2018/04,主持

(14). 武汉大学软件工程国家重点实验室开放基金,面向变粒度的服务组织与演化方法研究,编号SKLSE2012-09-24,2013/01-2014/12,主持

(15). 教育部互联网应用创新开放平台示范基地(气象云平台及应用)开放基金,编号KJRP1403,2014/11-2016/06 ,主持

(16). 华中农业大学自主科技创新基金(青年教师科技创新专项),基于RDB中连接操作的Web服务聚合研究,编号2013QC020,2013/04-2014/12,主持

(17). 华中农业大学新进博士科研启动专项,面向特定领域问题的服务组织与推荐研究,编号2012BQ031,2012/09-2013/12,主持


教改项目:

(1). 《高级数据库系统》课程的实践性教学探索,华中农业大学研究生培养条件建设项目,2021/06-2023/06,主持

(2). 《数据库原理》课程思政,华中农业大学2021年“思政课程”和“课程思政”示范建设项目,2021/10-2022/9,主持

(3). 面向生物大数据处理的“数据库原理”课程课件优化与应用,院教改项目,2015/06-2015/12,主持


科研论文:

(1) Zhou Yao#, Wenjing Zhang#, Peng Song, Yuxue Hu, Jianxiao Liu*. DeepFormer: A hybrid network based on convolutional neural network and Flow-attention mechanism for identifying the function of DNA sequences, Briefings in Bioinformatics, 24(2): bbad095, 2023. (SCI, IF=9.5, CCF B推荐期刊, 中科院1)

(2). Jimeng Lei, Zongheng Cai, Xinyi He, Wanting Zheng, Jianxiao Liu*. An approach of gene regulatory network construction using mixed entropy optimizing context-related likelihood mutual information. Bioinformatics, 39(1): btac717, 2023 (SCI, IF=6.93, CCF B类推荐期刊, 中科院2, DOI: 10.1093/bioinformatics/btac717)

(3). Yang Zhang#, Mengyao Wang#, Zhenguo Li#, Xuan Yang, Keqin Li, Ao Xie, Fang Dong, Shihan Wang, Jianbing Yan, Jianxiao Liu*. An Overview of Disentangling Gene-Trait Associations Integrating GWAS Summary Statistics and eQTLs, Science China Life Sciences, 2024 (SCI, IF=9.1, 中科院1)

(4). Ruihong Xu#, Sihang Liu#, Qingwang Zhang, Zemeng Yang, Jianxiao Liu*. PEWOBS: An Efficient Bayesian Network Learning Approach Based on Permutation and Extensible Ordering-based Search. Future Generation Computer Systems-The International Journal of eScience, 128, pp.505-520, 2022 (SCI, IF=7.187, 中科院2, JCR1, DOI: 10.1016/j.future.2021.10.026)

(5). Xuan Yang, Chen Yang, Jimeng Lei, Jianxiao Liu*. An Approach of Epistasis Detection Using Integer Linear Programming Optimizing Bayesian Network. IEEE-ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, early access, 2021 (SCI, CCF B类推荐期刊, DOI: 10.1109/TCBB.2021.3092719)

(6). Jianxiao Liu#, Jiying Li, Hai Wang*, Jianbing Yan*. Application of deep learning in genomics. Science China Life Sciences, 63(12), pp.1860-1878, 2020 (SCI, IF=4.611, 中科院1, DOI: 10.1007/s11427-020-1804-5)

(7). Liguang Wang#, Yujia Wang#, Yi Fu, Yunge Gao, Jiawei Du, Chen Yang, Jianxiao Liu*. AFSBN: A Method of Artificial Fish Swarm Optimizing Bayesian Network for Epistasis Detection, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 18(4), pp.1369-1383, 2021 (SCI, IF=2.896, CCF B类推荐期刊, DOI: 10.1109/TCBB.2019.2949780)

(8). Jianxiao Liu*, Zonglin Tian, Yingjie Xiao, Haijun Liu, Songlin Hao, Xiaolong Zhang, Chaoyang Wang, Jianchao Sun, Huan Yu, Jianbing Yan. Gene Regulatory Relationship Mining Using Improved Three-Phase Dependency Analysis Approach, IEEE-ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 17(1), pp.339-346, 2020 (SCI, IF=2.896, CCF B类推荐期刊, DOI: 10.1109/TCBB.2018.2872993)

(9). Juncheng Guo, Min Jin, Yuanyuan Chen, Jianxiao Liu*. An embedded gene selection method using knockoffs optimizing neural network. BMC Bioinformatics, 21(1): 414, 2020 (SCI, IF=3.242, CCF C类推荐期刊, DOI: 10.1186/s12859-020-03717-w)

(10).  Jianxiao Liu*, Yu Kang, Kai Liu, Xuan Yang, Menghai Sun, Junfan Hu. Maize Carotenoid Gene Locus Mining Based on Conditional Gaussian Bayesian Network. IEEE Access, 8, pp.15223-15231, 2020 (SCI, IF=4.098, 中科院2, DOI: 10.1109/ACCESS.2020.2966590)

(11). Jingyun Luo, Chengcheng Wei, Haijun Liu, Shikun Cheng, Yingjie Xiao, Xiaqing Wang, Jianbing Yan, Jianxiao Liu*. MaizeCUBIC: a comprehensive variation database for a maize synthetic population, Database-The Journal of Biological Databases and Curation, baaa044, 1-8, 2020 (SCI, IF=2.593, 中科院2, DOI: 10.1093/database/baaa044)

(12). Yang Guo#, Zhiman Zhong#, Chen Yang, Jiangfeng Hu, Yaling Jiang, Zizhen Liang, Hui Gao, Jianxiao Liu*. Epi-GTBN: an approach of epistasis mining based on genetic Tabu algorithm and Bayesian network. BMC Bioinformatics, 20(1): 444, 2019 (SCI, IF=2.511, CCF C类推荐期刊, DOI: 10.1186/s12859-019-3022-z)

(13). Chen Yang#, Hui Gao#, Xuan Yang, Suiyu Huang, Yulong Kan, Jianxiao Liu*. BnBeeEpi: An Approach of Epistasis Mining Based on Artificial Bee Colony Algorithm Optimizing Bayesian Network. IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine(BIBM), 2019 (CCF B类推荐会议, http://106.14.132.202/index)

(14). Qingchun Pan, Junfeng Wei, Feng Guo, Suiyong Huang, Yong Gong, Hao Liu, Jianxiao Liu*, Lin Li*. Trait ontology analysis based on association mapping studies bridges the gap between crop genomics and Phenomics. BMC Genomics, 20:443, 2019 (SCI, IF=3.501, 中科院2, http://tas.hzau.edu.cn/, DOI: 10.1186/s12864-019-5812-0)

(15). Yaling Jiang, Zizhen Liang, Hui Gao, Yang Guo, Zhiman Zhong, Chen Yang, Jianxiao Liu*. An Improved Constraint-Based Bayesian Network Learning Method Using Gaussian Kernel Probability Density Estimator, Expert Systems With Applications, 113, pp.544-554, 2018 (SCI, IF=4.292, CCF C类推荐期刊, DOI: 10.1016/j.eswa.2018.06.058)

(16). Jianxiao Liu*, Zonglin Tian. Verification of Three-Phase Dependency Analysis Bayesian Network Learning Method for Maize Carotenoid Gene Mining. BioMed Research International, 2017(8), pp.1-10, 2017 (SCI, IF=2.197, 中科院2, DOI: 10.1155/2017/1813494)

(17). Haijun Liu, Fan Wang, Yingjie Xiao, Zonglin Tian, Weiwei Wen, Xuehai Zhang, Xi Chen, Nannan Liu, Wenqiang Li, Lei Liu, Jie Liu, Jianbing Yan, Jianxiao Liu*. MODEM: Multi-omics data envelopment and mining in maize. Database: The Journal of Biological Databases and Curation, 2016, baw117, 2016 (SCI, IF=2.627, 中科院3, http://modem.hzau.edu.cn/, DOI: 10.1093/database/baw117)

(18). Jianxiao Liu*, Zhihua Xia. An Approach of Web Service Organization Using Bayesian Network Learning. Journal of Web Engineering, 16(3&4), pp.252-276, 2017 (SCI, IF=0.311, CCF C类推荐期刊)

(19). Jianxiao Liu, Xiaoxia Li, Zhihua Xia*. Web service aggregation and selection based on join operation in RDB, Journal of Internet Technology, 99(99), pp.1-17, 2015 (SCI, IF=0.418, DOI: 10.6138/JIT.2018.19.1.20150930)

(20). Jianxiao Liu, Feng Liu, Xiaoxia Li, Keqing He, Yutao Ma, Jian Wang*. Web Service Clustering Using Relational Database Approach, International Journal of Software Engineering and Knowledge Engineering(IJSEKE), 25(8), pp.1365-1393, 2015 (SCI, IF=0.264, CCF C类推荐期刊, DOI: 10.1142/S021819401550028X)

(21). Jianxiao Liu, Jian Wang, Keqing He, Feng Liu, Xiaoxia Li*. Service Organization and Recommendation Using Multi-granularity Approach, Knowledge-Based Systems, 73, pp.181-198, 2015 (SCI, IF=3.058, CCF C类推荐期刊, DOI:10.1016/j.knosys.2014.10.002)

(22). Jianxiao Liu, Zonglin Tian, Yifei Liu, Liang Zhao*. Research of Web service Recommendation Using Bayesian network Reasoning, 2018 International Conference on Services Computing(SCC), 2018.6.25-30, Seattle, USA, 2018 (EI, Research Track, CCF C类推荐会议)

(23). Xuan Yang, Jianxiao Liu*. Using Join Operation in Relational Database to Composite Web Services, 2018 World Congress on Services, 2018.6.25-30, Seattle, USA, 2018 (EI, Application Track)

(24). Jianxiao Liu*, Chaoyang Wang, Haijun Liu, Yingjie Xiao, Songlin Hao, Xiaolong Zhang, Jianchao Sun, Huan Yu. Maize Gene Regulatory Relationship Mining Using Association Rule, The 9th International Symposium on Intelligence Computation and Applications (ISICA), 2017.11.18-19, Guangzhou, China, 2017 (EI)

(25). Yu Kang, Xuan Yang, Menghai Sun, Junfan Hu, Zhiman Zhong, Jianxiao Liu*. Comparison of Software Packages for Bayesian Network Learning in Gene Regulatory Relationship Mining, The 13th International Conference on Natural Computation, Fuzzy Systems and Knowledge Discovery, 2017.7.29-31, Guilin, China, 2017 (EI)

(26). Jiaoxiao Liu*, Zaiwei Feng, Zonglin Tian, Feng Liu, Xiaoxia Li. Research on Service Organization Based on Decorator Pattern, The 11th EAI International Conference on Collaborative Computing: Networking, Applications and Worksharing, pp. 95-105, 2015.11.10-2015.11.11, 2015 (EI, CCF C类推荐会议)

(27). 刘建晓. 基于本体推理的农业大数据处理方法---以玉米多组学数据分析为例, 第三届农业信息化发展论坛暨新技术交流会, pp. 21-25, 5.13-15, 2016

(28). Jianxiao Liu, Zonglin Tian, Panbiao Liu, Jiawei Jiang, Zhao Li*. An Approach of Semantic Web Service Classification Based on Naive Bayes, The 13th International Conference on Services Computing (SCC), 6.27-7.2, San Francisco, USA, pp.356-362, 2016 (EI, Application Track, Accept rate: 27%)

(29). Jianxiao Liu, Songlin Hao, Xiaolong Zhang, Chaoyang Wang, Jianchao Sun, Huan Yu, Zhao Li*. Research on Web Service Dynamic Composition Based on Execution Dependency Relationship, The 12th IEEE World Congress on Services, 6.27-7.2, San Francisco, USA, pp.113-117, 2016 (EI)

(30). Jianxiao Liu, Da Ning, Kai Xing, Zonglin Tian, Panbiao Liu, Feng Liu*. Web Service Aggregation Platform Implementation Based on Join Operation, International Conference on Advances in Mechanical Engineering and Industrial Informatics, 04.11, pp.1126-1130, 2015

(31). 刘建晓, 何克清, 王健*, 余敦辉, 冯在文, 宁达, 张秀伟. RGPS制导的按需服务组织与推荐方法, 计算机学报, 36(2), pp.238-251, 2013 (国内权威, EI)

(32). 刘建晓, 何克清, 王健, 冯在文, 刘峰, 李小霞*.一种基于RDB中自身连接的Web服务聚类方法, 计算机研究与发展, 50(s), pp.205-210, 2013 (国内权威)

(33). Jianxiao Liu, Jian Wang, Keqing He, Feng Liu*, Xiaoxia Li. Using Pi-Calculus to Model Web Service Interaction, Journal of Computational Information Systems, 9(5), pp.1759-1767, 2013 (EI)

(34). 刘建晓, 邓勇, 刘思聪, 张秀伟, 刘峰*. 基于关系数据库的Web服务组合研究, 华中科技大学学报, 41(s), pp.6-9, 2013 (EI)

(35). 刘建晓*, 何克清, 宁达, 张秀伟. 一种基于Skyline的服务选择方法, 小型微型计算机系统, 34(1), pp.9-15, 2013 (CSCD)

(36). Jianxiao Liu, Jian Wang, Feng Liu, Xiaoxia Li, Fang Wu*. The Relational Database Theory and Web Service Technology, International Conference on Management Innovation and Information Technology, 12.07, pp.599-608, 2013 (EI)

(37). Jianxiao Liu*, Keqing He, Da Ning. Web Service Aggregation Using Semantic Interoperability Oriented Method, Journal of Information Science and Engineering, 28(3), pp.437-452, 2012 (SCI, IF=0.333, DOI: 10.1021/ci300201j)

(38). Jianxiao Liu*, Keqing He, Da Ning. A Kind of On-demand Web Services Selection Method Based on RGPS, Journal of Computational Information Systems, 7(1), pp.1-8, 2011 (EI)

(39). Jianxiao Liu*, Keqing He, Jian Wang, Da Ning. A Clustering Method for Web Service Discovery, The 8th International Conference on Services Computing (SCC), 2011.07.4-10, pp.729-730, Washington D.C., 2011 (EI)

(40). Jianxiao Liu*, Keqing He, Jian Wang, Zaiwen Feng, Da Ning. An Extended WS-CDL Method for On-demand Web Service Selection, The 7th World Congress on Services, 2011.07.4-10, pp.327-330, Washington D.C., 2011 (EI)

(41). 刘建晓*, 何克清, 王健, 冯在文, 宁达. 面向领域核心服务定制的部分语义互操作聚类研究, 小型微型计算机系统, 32(9),pp.1703-1708, 2011 (CSCD)

(42). 刘建晓*, 何克清, 王健, 冯在文, 宁达. 一种面向语义互操作性的服务聚合方法, 软件学报, 22(s2), pp.27-40, 2011 (国内权威, EI)

(43). 刘建晓, 何克清*, 宁达. 一种面向Web服务的语义匹配方法, 武汉大学学报, 56(4), pp.467-472, 2010 (CSCD)  

(44). Jianxiao Liu*, Lijuan Li. Research of distributed intrusion detection system model based on mobile agent, International Forum on Information Technology and Applications, IFITA 2009, 2009/5/15-2009/5/17, pp 53-57, Chengdu, China, 2009 (EI)

(45). Jianxiao Liu*, Lijuan Li. A distributed intrusion detection system based on agents, Pacific-Asia Workshop on Computational Intelligence and Industrial Application, PACIIA 2008, 2008/12/19-2008/12/20, pp 553-557, Wuhan, China, 2008 (EI)


软件著作权:

(1). 刘建晓, 罗靓赟, 王昕, 陈时坤, 严建兵. 玉米CUBIC群体数据整合与分析系统平台V1.0,软件著作权登记号:2019SR0156468

(2). 刘建晓,钟琦,宋琦敏. 基因本体解析与编辑系统V1.0,软件著作权登记号:2018SR578754

(3). 刘建晓,刘海军,王凡,田宗霖,严建兵. 玉米多组学数据整合与分析系统平台V1.0软件著作权登记号:2017SR128806

(4). 别之龙,刘建晓,张江涛,李克勤,黄远. 蔬菜种苗生产管理系统平台V1.0软件著作权登记号:2021SR2086300

(5). 徐强,王沦,刘建晓,卢敏,邓秀新. 柑橘身份证数据库及品种DNA鉴定在线软件CitrusID V1.0软件著作权登记号:2017SR054900

(6). 王健,刘建晓 . CloudCRM客户关系管理云服务平台V1.0,软件著作权登记号:2011SR048707



发明专利:

(1). 刘建晓,王振业,彭勇,李杰,李骥英,周雄辉,谢傲,张江陵,袁豪,丁新茹,王守哲,李克勤,石佳奇,刑广杰,史维瀚,严建兵. 一种基于染色质交互高精度预测玉米基因表达量的方法. 2023,申请号:202311389932.5

(2). 肖英杰,严建兵,刘建晓,姚州,罗靓赟,王创,谢傲. 一种基于深度学习的复杂性状高效基因组预测方法. 2023,申请号:202311826967.0

(3). 刘建晓,杨晨,高辉,杨轩,黄穗宇,阚裕隆. 一种人工蜂群优化贝叶斯网络的上位性位点挖掘方法. 2023.3专利号:ZL201910859461.7

(4). 刘建晓,阚裕隆, 杨晨,杨轩, 王李光. 基于k-tree优化贝叶斯网络的上位性位点挖掘方法. 2022.5,专利号: ZL202010683358.4

(5). 刘建晓,果杨钟芷漫杨晨,胡江峰,蒋雅玲,梁子珍,高辉. 一种基于遗传禁忌和贝叶斯网络的上位性位点挖掘方法. 2021.4专利号:ZL201811287261.0

(6). 刘建晓,向宇嘉,田宗霖,郝松林,张小龙. 一种基于贝叶斯网络推理的基因间交互关系挖掘方法. 2022.3专利号:ZL201811157185.1

(7). 刘建晓,雷继萌,蔡纵横,何欣怡,郑婉婷. 基于混合熵优化互信息的基因调控网络构建方法. 2022.4,申请号: 202210294214.9

(8). 刘建晓,杨轩,杨晨,雷继萌. 一种整数线性规划优化贝叶斯网络的上位性位点挖掘方法. 申请号: 202010592324.4

(9). 何克清,刘建晓,王健,冯在文,张秀伟. 一种基于按需服务组织的推荐方法,2013.11.06,专利号: ZL201210406142.9



奖励与其他:

(1). 指导学生获得2023年校优秀学士学位论文12022年校优秀学士学位论文12021年校优秀学士学位论文1 2020年校优秀学士学位论文12019年校优秀学士学位论文22015年湖北省优秀学士学位论文奖1项,2015年校本科生毕业论文(设计)创新奖1

(2). 指导学生SRF项目2国家大学生创新创业训练计划项目5,湖北省大学生创新创业训练计划项目2项,本科生科技创新专项4

(3). 指导学生获得国家大学生创新创业训练计划“十佳项目”3大学生创新创业“十佳作品”2

(4). 指导学生获得第十二届“神农杯”大学生课外学术科技作品竞赛二等奖,获得20232017年中国大学生计算机设计大赛三等奖1 项,2015年蓝桥杯一等奖1项、三等奖2

(5). 获得2020年校教学质量优秀一等奖2022年校实践教学奖,2019年校教学质量优秀二等奖,2015年院教学质量二等奖,校2015年校教学质量优秀三等奖

(6). 获得2019年校教学实习优秀指导老师, 2018年校大学生科技创新优秀指导教师

(7). 获得2022年优秀班主任,院2021年优秀班主任

(8). 获得院第一届青年教师讲课竞赛二等奖,校第十二届青年教师讲课竞赛优胜奖

(9). 获得湖北省第五批“博士服务团”工作先进个人

(10). 刘建晓,何克清,王健,余敦辉冯在文宁达张秀伟. 中国计算机学会服务计算专委会最佳学生论文奖2012.8

(11). 刘建晓. 武汉大学,研究生学术创新奖,二等奖,2012.4


备注

欢迎报考本课题组硕士、博士研究生!

本课题组主要从事将深度学习、贝叶斯网络等机器学习方法用于生物学、医学相关数据分析挖掘等交叉研究。一方面招收计算机、数学等背景的研究生进行算法改进优化研究,另一方面招收生信、生物背景的研究生进行交叉研究。