职称

教授

学位

博士

电话

027-87285085

邮箱

zhy630@mail.hzau.edu.cn

政治面貌

无党派

工作单位

华中农业大学信息学院

研究方向

生物信息学、行星生物学

教育经历

1988.09-1992.07 山东大学生物系 理学学士

1992.08-1997.01 中国科学院生物物理研究所 理学博士

主要职历

1997.02-1998.10 山东师范大学生命科学学院 讲师

1998.11-2000.06 山东师范大学生命科学学院 教授

2000.07-2009.01 山东理工大学生命科学学院 教授、博导

2009.02-2014.06 华中农业大学生命科学技术学院 教授、博导

2014.07至今 华中农业大学信息学院 院长（农业生物信息湖北省重点实验室主任）

科研成果

团队致力于揭示生命起源进化机制，促进生物技术和人工智能技术研发，赋能生命健康产业。相关成果在国际期刊发表SCI论文200余篇，谷歌学术引用10000余次，h-指数50，SCI他引5000余次。论文入选ESI Top 1%论文、Faculty of 1000 Biology、ScienceDirect Top 25 热点论文。取得的主要成果如下：

l 系统进化：从系统化学角度，揭示了生命系统进化的环境偶联循环原理，并将该原理用于人工智能算法开发（Ji et al. 2007; Ji et al. 2009a; Wang et al. 2011; Zhu et al. 2011; Jiang et al. 2012; Kim et al. 2012; Chu & Zhang 2020）。

l 进化医学：将进化生物学的概念和方法引入医学领域，与人工智能技术相结合，指导了生物标志物、靶标和药物发现（Ji et al. 2009b; Zhang et al. 2010; Wang and Zhang 2013; Quan et al. 2018；Lv et al. 2021）。

l 行星健康：践行“对人类和地球都健康”理念，构建生态农业和生物安全数据治理体系，建立相关技术标准，助力实现行星健康。

代表性论文：

l Lv B.-M., Quan Y., Zhang H.-Y.* (2021) Causal inference in microbiome medicine: principles and applications. Trends Microbiol. 29: 736-746.

l Chu X.-Y., Zhang H.-Y.* (2020) Cofactors as molecular fossils to trace the origin and evolution of proteins. ChemBioChem 21: 3161-3168.

l Quan Y., Wang Z.-Y., Chu X.-Y., Zhang H.-Y.* (2018) Evolutionary and genetic features of drug targets. Med. Res. Rev. 38: 1536-1549.

l Xie T., Yang Q.-Y., Wang X.-T., McLysaght A.*, Zhang H.-Y.* (2016) Spatial colocalization of human ohnolog pairs acts to maintain dosage-balance.Mol. Biol. Evol. 33: 2368-2375.

l Wang Z.-Y., Zhang H.-Y.* (2013) Rational drug repositioning by medical genetics. Nat. Biotechnol. 31: 1080-1082.

l Jiang Y.-Y., Kong D.-X., Qin T., Li X., Caetano-Anollés G., Zhang H.-Y.* (2012) The impact of oxygen on metabolic evolution: a chemoinformatic investigation. PLoS Comput. Biol. 8: e1002426.

l Kim K. M., Qin T., Jiang Y.-Y., Chen L.-L., Xiong M., Caetano-Anollés D., Zhang H.-Y.*, Caetano-Anollés G.* (2012) Protein domain structure uncovers the origin of aerobic metabolism and the rise of planetary oxygen. Structure 20: 67-76. (Preview: Saito, M. A. Structure 2012, 20: 1-2) (Featured by Science News: http://news.sciencemag.org/sciencenow/2012/01/the-first-oxygen-users.html)

l Wang M., Jiang Y.-Y., Kim K. M., Qu G., Ji H.-F., Mittenthal J. E., Zhang H.-Y.*, Caetano-Anollés G.* (2011) A universal molecular clock of protein folds and its power in tracing the early history of aerobic metabolism and planet oxygenation. Mol. Biol. Evol. 28: 567-582.

l Zhu Q., Qin T., Jiang Y.-Y., Ji C., Kong D.-X., Ma B.-G., Zhang H.-Y.* (2011) Chemical basis of metabolic network organization. PLoS Comput. Biol. 7: e1002214.

l Zhang H.-Y.*, Chen L.-L., Li, X.-J., Zhang J. (2010) Evolutionary inspirations for drug discovery. Trends Pharmacol. Sci. 31: 443-448.

l Ji H.-F., Chen L., Jiang Y.-Y., Zhang H.-Y.* (2009a) Evolutionary formation of new protein folds is linked to metallic cofactor recruitment. BioEssays 31: 975-980.

l Ji H.-F., Li X.-J., Zhang H.-Y.* (2009b) Natural products and drug discovery. EMBO Rep. 10: 194-200.

l Ji H.-F., Kong D.-X., Shen L., Chen L.-L., Ma B.-G., Zhang H.-Y.* (2007) Distribution patterns of small-molecule ligands in the protein universe and implications for origin of life and drug discovery. Genome Biol. 8: R176.

授权专利：

l 张红雨, 康寿凯. 一种测定转录调控复合体的方法（专利号：ZL201510105225.8）

l 张红雨, 杨庆勇, 全源, 罗志辉, 朱丽达. 多靶标药物和/或组合药物的筛选方法（专利号：ZL201510288863.8；欧洲专利：3306503；英国、法国、德国、瑞士专利）

l 张红雨, 朱丽达, 罗志辉, 全源, 朱强, 杨庆勇. 一种基于机器学习的药物活性预测方法（专利号：ZL201610067573.5）

l 张红雨, 周雄辉, 全源, 崔泽嘉, 杨庆勇. 一种个性化用药的系统药理学方法（专利号：ZL201710046416.0；美国专利: 15/876,194）

l 张红雨, 全源, 王晖, 朱丽达, 许璇, 杨庆勇, 黄清. 一种基于热扩散网络的药物发现方法及其应用（专利号：ZL201710917312.2）

l 张红雨, 全源, 王晖, 朱丽达, 许璇, 杨庆勇, 黄清. 一种药物活性的预测方法及其应用（专利号：ZL201710769899.7）

l 张红雨, 褚欣奕, 许璇, 吕博敏, 张青叶, 黄清. Nrf2激动剂在制备治疗银屑病的药物中的应用（专利号：ZL201711323296.0）

l 张红雨, 吕博敏, 全源, 张青叶, 黄清. 一种药物组合物及其在制备治疗黄病毒属病毒感染的药物中的应用（专利号：ZL201711442237.5）

l 张红雨, 吕博敏, 全源, 张青叶, 黄清. 20S蛋白酶体抑制剂在制备治疗日本乙型脑炎病毒感染的药物中的用途（专利号：ZL201711439804.1）

l 张红雨, 吕博敏, 全源, 张青叶, 黄清. 卡马西平在制备治疗黄病毒属病毒感染的药物中的应用（专利号：ZL201810039105.6）

l 张红雨, 吕博敏, 全源, 张青叶, 黄清. 一种含有卡马西平和生物素的药物组合物及其应用（专利号：ZL201810039104.1）

l 张红雨, 崔泽嘉, 黄清. 一种基于表观基因组的药物发现方法（专利号：ZL201811361839.2）

l 张红雨, 高敏, 张青叶, 吕博敏, 黄清. 一种化合物及其制备方法与应用（专利号：ZL201910655894.0）

主持国家自然科学基金7项：

l 磷酸盐促进代谢网络起源的系统生物学研究（31870837）

l bZIP超家族转录因子祖先重建及演化机制研究（31670779）

l 用mRNA展示技术研究蛋白质相互作用起源（31370776）

l 细菌代谢物浓度的化学信息学预测及在新型杀菌剂发现中的应用（21173092）

l 用mRNA展示技术研究原始蛋白结构起源（30870520）

l 细胞型朊病毒蛋白错误折叠机理的理论研究（30570383）

l 朊病毒（prion）抗氧化与促氧化作用的分子机理（30100035）

主持、参与973课题3项：

l 微生物药物创新与优产的人工合成体系（2012CB721000）（主持第二课题：生物元件、路径和网络的模拟与设计（2012CB721002））

l 分子靶标导向的绿色化学农药创新研究（2010CB126100）

l 绿色化学农药先导结构及作用靶标的发现与研究（2003CB114400）

主持湖北省技术创新专项（重大项目）1项：

l 基于系统遗传学的抗猪乙型脑炎病毒药物的研制（2018ABA107）

主持湖北省自然科学基金重点项目1项：

l 基于组学的新药发现技术（2013CFA016）

主持湖北省科技创新基地（平台）专项项目3项：

l 农业生物信息湖北省重点实验室建设（2021DFA014）

l 农业生物信息湖北省重点实验室建设（2020DFA007）

l 农业生物信息湖北省重点实验室建设（2018BFC359）

参与国家重点研发计划项目1项：

备注

l 2021年获评湖北省有突出贡献中青年专家。

l 2021年获湖北省委统战部“百年华诞·最美统战人”荣誉称号。

l 2018年入选3551光谷人才计划。

l 2018年获得湖北省高等学校教学成果三等奖（第一完成人）。

l 2013年作为团队带头人入选湖北省自然科学基金创新群体。

l 2012年入选湖北省高端人才引领培养计划。

l 2011年获得教育部自然科学二等奖（第一完成人）。

l 2005年获得中国化学会青年化学奖。

     l 1999年获得第三届中国药理学会Servier奖。

主要兼职：

湖北省生物信息学会理事长、中国生物信息学学会（筹）理事（农林信息学专业委员会副主任委员）、中国空间科学学会理事（空间生命起源与进化专业委员会副主任委员）、中国计算机学会（CCF）数字农业分会副主任委员、中国生物化学与分子生物学会分子系统生物学专业委员会理事、国际电工委员会生物数字融合标准化评估组（IEC/SEG12）国内专家组成员、Metabolites（SCI收录）、Frontiers in Genetics（SCI收录）、Frontiers in Bioscience-Landmark（SCI收录）、Current Bioinformatics（SCI收录）、Protein & Peptide Letters（SCI收录）、Current Computer-Aided Drug Design（SCI收录）、Current Chinese Science等国际期刊编委。