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方亚平作“蛋白质在基因和染色质结构调控中的异质性和协同性”报告

发布日期:2020-11-07 发表者:陈治国 浏览次数:



   (图文|辛西)11月15日下午,学院2020年第12期“Happy Hour”活动在逸夫楼C603会议室举行。方亚平副教授作了“蛋白质在基因和染色质结构调控中的异质性和协同性”的主题报告。众多师生参加交流会。院长张红雨教授主持交流会。


   方亚平老师首先从祖代细胞发育成各组织和器官但具有相同的基因组的现象出发,结合DNA到蛋白质的中心法则介绍了蛋白质对DNA和RNA的反馈调控及交互网络的复杂性,同时对高通测序数据的特点及局限性进行了介绍。接着他将染色质层次结构与蛋白质四级结构进行类比,以DNA结合蛋白的典型代表转录因子为例介绍了转录因子的概念、分类、结构特点、与DNA的结合位点的协同性和多样性、小分子等代谢产物对信号通路的影响。随后,方亚平介绍了转录因子介导的非编码元件增强子在染色质三维层次结构中的动态调控作用,以课题组开发的Hierarchical and Dynamics Analysis of TF Cooperation with ChIA-PET and ChIP-Seq Data (HidPET)方法整合分析ChIP-PET三维结构数据和ChIP-Seq一维数据的结果为例,介绍了多个细胞系中转录因子相互作用的协同性和异质性,以及甲基化等表观信号对这些交互作用的影响。接着介绍了转录因子在疾病诊疗和药物研发中的重要应用。最后介绍了基于蛋白相互作用的协同性和异质性的特点做的一些初步的应用。方亚平指出,在分析多组学数据时,要注意不同数据的特点及综合应用,既要重视DNA序列及表观信号,又要重视不同蛋白质间的交互作用的协同性和异质性,获得对生物现象和构建模型的更深层次的生物学解释,增强基于实验结果发现的规律的泛化能力。


   报告结束,老师和同学展开热烈讨论。张红雨教授就转录因子间的复杂关系类比于积木搭建进行了点评,李立教授就开发染色质的边界表征方法所用的数学方法进行了讨论,章文教授就序列和表观信号在调控元件及其交互作用预测中的应用提出疑问。本次Happy Hour活动在轻松愉快氛围中结束。