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第二届全国三维基因组学研讨会落幕

发布日期:2015-06-09 发表者:辛西 浏览次数:

(图文|信息学院通讯员 蔡留阳 王景 何双)6月6日,第二届全国三维基因组学研讨会在我校国际学术交流中心一楼报告厅举行。来自美国杰克逊实验室、美国德克萨斯大学达拉斯分校、美国能源部联合基因组研究所,俄罗斯科学院新西伯利亚分院,新加坡国立大学,清华大学,上海交通大学和华中农业大学等院校和研究机构的专家学者200多人齐聚一堂,研讨如何应对基因组学的第三次“浪潮”,就三维基因组的转录和调控,染色体结构和相互作用的新进展,使用HIi-C数据构建三维基因组,CTCF网站CRISPR反演改变基因组的结构和启动子功能,基因的相对位置和拓扑染色体染色体环域分析等议题了进行了深入交流。

信息学院院长张红雨教授、武汉菲沙基因总经理陈东生分别致开幕词。

会议由我校“千人计划”专家阮一骏教授、“青年千人”学者李国亮教授发起,信息学院院承办。第一届全国三维基因组学会议于2014年5月10日在华农举行。

美国杰克逊实验室教授、我校“千人计划”专家阮一骏致词并做了专题报告。阮一骏介绍,“结构决定功能”是认识自然规律中的一个共识。在生物学中,这一共识不仅适用于RNA、蛋白质等小规模的有机分子,同样也应该适用于全基因组这样的DNA大分子。最近研究表明, 基因组的三维空间结构对基因组的表达、调控等功能有重要的影响。因此,研究全基组的三维空间结构和功能成为基因组学一个新发展趋势。他介绍了三维基因组学的研究进展,特别是ChIA-PET技术在捕获染色质远程交互作用与重建基因组三维结构中的优势,并讨论了基因组三维结构在人类疾病的转录调控中发挥的作用。

美国德克萨斯大学达拉斯分校的Michael Q. Zhang教授介绍了如何去除三维基因组学数据中的噪音以及使用一维数据预测三维结构。美国能源部联合基因组研究所的Chia-Lin Wei通过展示具体科研项目,阐明了基因组三维结构在细胞的转录调控中发挥的重要作用。新加坡国立大学计算学院Wing-Kin Sung教授则展示了利用Hi-C数据进行基因组三维结构建模的新方法。

上海交通大学吴强教授展示了将crispr系统与三维基因组学技术相结合的成果。耶鲁-新加坡国大学院Melissa教授介绍了通过研究含有突变位点的远程调控元件与目标基因的交互,可发现这些突变位点与基因转录调控异常的关系。美国杰克逊实验室Oscar Luo博士介绍了长片段ChIA-PET技术,揭示了CTCF在介导基因组三维结构中的重要作用。俄罗斯新西伯利亚国立大学YuriyOrlov博士则分享了所在课题组在拓扑结构域相关的研究。加拿大西门菲沙大学Jack Chen教授讨论了比较基因组学对研究三维基因组学的促进作用。

此外,我校信息学院彭城副教授、谢婷博士,以及来自清华大学的高军涛博士、牛钢教授也分享了自己的研究成果。

最后,阮一骏教授进行了总结,对各位专家学者的精彩报告和参会师生的支持表示感谢,并期待大家加强合作,共同推动三维基因组学的进一步发展。

三维基因组学是一个崭新的研究领域,是指在考虑基因组序列、基因结构的同时,研究基因组在细胞核内的三维空间结构,及其对基因转录、复制、修复和调控等生物功能的影响。新一代DNA测序技术和染色质交互检测技术的发展,使得基因组三维结构的研究进入了基因组和分子层面,可以捕获基因组中顺式调控元件之间的相互作用。ChIA-PET技术:配对末端标签测序分析染色质相互作用(chromatin interactionanalysis by paired-end tag sequencing,ChIA-PET)技术。一种3C衍生技术,可以在全基因组范围内捕获特定转录因子介导的染色质交互作用,具有通量高,精度高,全基因组的优势。Hi-C技术:一种3C衍生技术,可以捕获全基因范围的染色质交互信息,绘制交互图谱。