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全英文课程Algorithms in Bioinformatics (生物信息学中的算法)选课通知

发布日期:2018-04-16 发表者: 浏览次数:2041次


 

各位同学:

全英文课程《Algorithms in Bioinformatics》将在5月开课,时间为515-68日。一共32学时,课程形式以讲授为主。全部由外教教学,具体安排如下:

日期

时间

授课内容

授课老师/助教

515

1-4

1. Basic of Molecular Biology and Biotechnology

2. RNA Secondary Structure

Wing-Kin Sung(新加坡国立大学计算学院教授)

/

李国亮(信息学院教授)

518

5-8

3. Sequence similarity

4. Peptide sequencing

522

1-4

5. Genome assembly (I)

6. Genome assembly (II)

525

5-8

7. Genome rearrangement

8. Suffix Tree (I)

529

1-4

9.  Suffix Tree (II)

10. Whole genome alignment

61

5-8

11. Markov Model

12. Hidden Markov Model

65

1-4

13. Motif Finding (I)

14. Motif Finding (II)

68

5-8

15. Phylogenetic (Character-based method)

16. Phylogenetic (Distance-based method)

 

请有意向选修的留学生、研究生和有兴趣的高年级本科生在522日前填写https://www.wenjuan.in/s/eiYNFn/或者扫描下文二维码进行报名。已在研究生一体化系统中选此课的同学无须重复报名。

请各位同学相互转告。

 


Wing-Kin Sung教授简介

 

 Dr. Wing-Kin Sung (宋永健) received both the B.Sc. and the Ph.D. degree in the Department of Computer Science from the University of Hong Kong in 1993, 1998, respectively. He is a professor in the Department of Computer Science, School of Computing, NUS. Also, he is a senior group leader in Genome Institute of Singapore. He has over 15 years experience in Algorithm and Bioinformatics research. He also teaches courses on bioinformatics for both undergraduate and postgraduate. Recently, he was conferred the 2003 FIT paper award (Japan), the 2006 National Science Award (Singapore), and the 2008 Young Researcher Award (NUS) for his research contribution in algorithm and bioinformatics. His personal website is http://www.comp.nus.edu.sg/~ksung/.

Wing-Kin Sung(宋永健)博士,在新加坡国立大学计算学院计算机系任教授,是新加坡基因组研究院的资深项目主持人,是生物信息学领域的知名的专家,领导开发了多项生物信息学软件,已发表220多篇高水平论文,包括在NatureNature GeneticsCellGenome BiologyBioinformaticsRECOMB等知名杂志和会议发表论文。在DNA测序数据分析处理方面,宋老师领导开发的主要软件如下:

1)基因组组装软件PEAssember,利用双末端测序(Paired-end Tags)数据,提高基因组组装的正确率;

2DNA测序比对软件BatMis可以处理更多错配的基因组测序数据,DNA甲基化序列比对软件BatMeth可以高效准确地将DNA甲基化序列比对到参考基因组;

3)在ChIP-Seq数据处理方面,领导开发了ChIPdiffCCAT软件,分析转录因子在基因组的结合位点和组蛋白的富集区域,开发了CENTDISTSEME软件,用于转录因子结合位点的motif分析;

4)领导开发了基因组三维结构建模软件ChromSDE

5)正在开发一个全新的基因组浏览器BASIC,有着更高的数据处理速度。

在生物信息应用方面,宋老师的一个代表作,是作为第一作者在Nature Genetics上发表了乙型肝炎病毒在人类基因组中的整合情况分析,发现了在多个重要基因旁有重复出现的乙型肝炎整合。

基于杰出的科研成果,宋老师的研究得到了多方的认可。首先是多次获得了奖励,包括新加坡的国家科学奖(新加坡最高级别国家科研奖)。其次是多次在生物信息学领域的知名会议中担任主席或委员。