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黄磊博士做客信息逸站讲述生物复杂系统模型构建方法

发布日期:2017-09-01 发表者: 浏览次数:1122次



    (图文|通讯员丁毓端)9月1日上午,任职于Human Longevity公司的黄磊博士做客我校信息学院逸夫楼C314会议室与信息学院师生进行学术交流。黄磊博士在2017获得美国康奈尔大学计算生物学理学博士学位,主要研究方向为生物系统的数学建模及生物数据挖掘。他带来了题为“Understanding complex systems by model reduction using differential geometry”的报告。 


    生物复杂系统如代谢网络、生物细胞、神经网络等方向的研究是目前系统生物学的前沿。黄磊博士报告中重点介绍了一种辅助研究生物复杂系统模型的方法, 称为流形边界逼近法 (Manifold Boundary Approximation Method,MBAM)。MBAM算法是通过减少参数数量衡量的自由度(degrees of freedom)同时维持原生物模型与简化后模型的机械关系的一种针对复杂系统模型的简化模型方法。MBAM算法将模型视为一个几何结构的流形体,所得到的简化模型能更好揭示微观的相互作用对整体系统行为的影响。此方法对许多生物系统模型具有适用性,可用于揭示生物复杂系统的一些重要问题。黄磊重点介绍了此方法在神经生长因子受体信号(nerve growth factor receptor signaling,NGFR)网络和光合代谢网络这两个生物系统模型的应用。此外, 报告中还交流了几何学主导的数学建模工作中的其它重要见解和研究成果。


    报告会最后,信息学院陈玲玲教授、马彬广教授、高俊祥副教授等老师和信息学生部分研究生分别就感兴趣的问题与黄磊博士进行了讨论交流。现场有学生表示,收益良多,通过学术报告,对复杂系统模型研究方法和生物学应用有了更新认识。


    黄磊,2007年于中山大学获得生物学及统计学学士学位,2017于美国康奈尔大学获得计算生物学理学博士学位。主要研究方向为生物系统的数学建模及生物数据挖掘,在Cell Metabolism、PNAS、eLife、PLOS Computational Biology等国际著名期刊发表多篇论文,目前在美国Human Longevity公司任职。Human Longevity公司由基因组学领域先驱J. Craig Venter创立于2014年,该公司主要涉及基因组测序、人类微生物组、蛋白质组学、临床成像、细胞疗法、定制化的个人健康信息等技术领域,目前致力于开发大规模计算以及机器学习方法应用于生物技术在医学领域。