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新加坡国立大学宋永健教授做客信息逸站谈癌症基因组的病毒检测

发布日期:2017-07-01 发表者: 浏览次数:2574次



    (文|信息学院黄星宇6月29日上午,应我校信息学院李国亮教授的邀请,新加坡国立大学宋永健教授做客信息逸站,在逸夫楼C座314会议室作了题为“快速、高效、准确地检测病毒DNA序列整合到癌症基因组中”的学术报告。我校信息学院、生科院、水产学院的师生代表参加了报告会。


    报告会上,宋永健教授介绍了针对病毒DNA序列整合到人类基因组上导致癌症的研究。他首先提出在人类中常见的几种癌症和病毒的关系,举例说明了病毒DNA整合到人类基因组中会导致癌症的发生。比如,大概18%的癌症是由病毒或细菌感染引起的,全球三分之一的人群会感染乙肝病毒,当乙肝病毒的DNA序列整合到人类基因组序列中,通常会引起肝癌。当他说到在高50%的癌症患者中都能找到病毒整合位点的时候,顿时引燃了全场师生的热情。


    目前,基于DNA测序技术的发展,病毒DNA序列整合到人类基因组的情况可通过二代测序数据进行分析。宋永健教授团队分析了88份肝癌病人样品的全基因组测序数据,发现了重复出现的乙肝病毒整合位点,包括有名的癌症基因MLL4和TERT等,该成果发表在《Nature Genetics》上。
在分析乙肝病毒整合在人类基因组的过程中,宋永健教授意识到需要一个有效的计算流程进行这类工作,所以他领衔的团队开发了一款速度更快、敏感性更高的软件BatVI。和其他同类功能的软件相比,BatVI准确率更高,速度更快;用其分析2组肝癌(HBV病毒)数据,既能找到已知的插入位点,也能找到其它软件不能识别的插入位点,有力证实了BatVI的准确性。


    宋永健教授团队根据BatVI的结果,找到了3个与癌症明显相关的基因,在有病毒DNA序列整合的人类基因组中,相关的癌症基因表达量更高,说明了病毒DNA序列整合的功能是促进癌症发展。根据癌症组织内不同部分的结构变异和病毒整合位点,可判断细胞的异质性和前后的进化关系。
最后,在已有工作基础上,宋永健教授介绍了未来几年工作计划:第一,让BatVI能够在HIVID、TCGA、RNA-Seq数据中也可使用;第二:改进BatVI,让它运行得更快更准确;第三,研究CCNE1和MLL4基因的功能;第四,检查在血液中是否能找到HBV的整合。


    报告结束,现场教师和学生与宋永健教授进行了深入探讨交流,希望将相关的技术应用到动物或鱼类中,促进相关的动物或鱼类疾病检测。


    报告人简介:宋永健博士,新加坡国立大学计算机学院正教授,新加坡基因组研究院的资深项目主持人,生物信息学领域的知名的专家,BWT改进算法的开创者(流行比对软件BWA、Bowtie2、BLASR等都是基于BWT改进算法的),领导开发了多项生物信息学软件,已发表240多篇高水平论文,包括在Nature、Nature Genetics、Cell、Genome Biology、Bioinformatics、RECOMB等知名杂志和会议发表论文。获科学奖项情况如下:
    1. 新加坡国立大学,青年研究奖(新加坡国立大学的最高科学奖),2008;
    2. 新加坡国家科学奖(新加坡的最高科学奖),2006。