彭城 【副教授】
姓名 彭城 性别
职称 副教授 学位 博士
电话 027—87280877 邮箱 pengcheng@mail.hzau.edu.cn
工作单位 华中农业大学信息学院
研究方向 染色质三维空间结构,系统生物医学
教育经历

2006.9 - 2011.11, 上海交通大学,计算机科学与工程,博士
     2008.12 - 2010.12,美国加州大学伯克利分校,生物工程,访问学生
     2003.9 - 2006.7,  湖北大学,系统分析与集成,硕士
     1999.9 - 2003.7,  湖北大学,计算机科学与技术,学士。

主要职历

2014.7 - 至今,    华中农业大学信息学院,副教授
     2014.1 - 2014.6,  华中农业大学生命科学技术学院,副教授
     2011.12 - 2013.12,华中农业大学生命科学技术学院,讲师

科研成果

主要研究方向包括三维基因组学和生物信息学,即开发生物信息学方法解析高通量染色质交互数据,研究基因组三维空间结构的内在特征,并整合其它组学数据阐述基因组三维空间结构的形成机理、生物功能以及应用等。目前已经开发了生物信息学软件AutoChrom3DTADLib用于分析Hi-C染色质交互数据和解析染色质三维空间结构。

发表论文:(#为并列第一作者,*为通讯作者)

1. Xiao-Tao Wang, Peng-Fei Dong, Hong-Yu Zhang, Cheng Peng*. Structural heterogeneity and functional diversity of topologically associating domains in mammalian genomes. Nucleic Acids Research, 2015, 43(15):7237-7246. (IF 2015: 9.112)

2. Ting Xie#, Jue-Fei Zheng#, Sheng Liu, Cheng Peng, Yong-Ming Zhou, Qing-Yong Yang*, Hong-Yu Zhang. De novo plant genome assembly based on chromatin interactions: A case study of Arabidopsis thaliana. Molecular Plant, 2015, 8(3):489-492.(IF 2015: 6.337)

3. 彭城#,李国亮#,张红雨*,阮一骏*。染色质三维空间结构重建及其生物学意义。中国科学:生命科学,2014,44:794-802

4. Cheng Peng#*Liang-Yu Fu#, Peng-Fei Dong, Zhi-Luo Deng,Jian-Xin Li, Xiao-Tao Wang and Hong-Yu Zhang*. The sequencing bias relaxed characteristics of Hi-C derived data and implications for chromatin 3D modeling. Nucleic Acids Research. 2013,41:19, e183 (IF 2013: 8.808)

5. Cheng Peng, Teresa Head-Gordon. The Dynamical mechanism of auto-inhibition of AMP-activated protein kinase. PLoS Computational Biology. 2011,7:e1002082. (IF 2011: 5.515)

6. Cheng Peng*, Liqing Zhang, Teresa Head-Gordon*. Instantaneous normal modes as an unforced reaction coordinate for protein conformational transition. Biophysical Journal. 2010,98:2356-2364 (IF 2010: 4.39)
备注 生物信息软件:
AutoChrom3D: http://ibi.hzau.edu.cn/3dmodel/
TADLib: https://pypi.python.org/pypi/TADLib/