彭城 【副教授】
姓名 彭城 性别
职称 副教授 学位 博士
电话 027—87280877 邮箱 pengcheng@mail.hzau.edu.cn
工作单位 华中农业大学信息学院
研究方向 三维基因组学、转录调控和细胞命运
教育经历

2006.9 - 2011.11, 上海交通大学,计算机科学与工程,博士
     2008.12 - 2010.12,美国加州大学伯克利分校,生物工程,访问学生
     2003.9 - 2006.7,  湖北大学,系统分析与集成,硕士
     1999.9 - 2003.7,  湖北大学,计算机科学与技术,学士。

主要职历

2014.7 - 至今,    华中农业大学信息学院,副教授
     2014.1 - 2014.6,  华中农业大学生命科学技术学院,副教授
     2011.12 - 2013.12,华中农业大学生命科学技术学院,讲师

科研成果 主要研究内容:
1、三维基因组学的算法研究:开发生物信息学方法解析高通量染色质互作数据,研究基因组三维空间结构的内在特征和生物功能等。目前已经开发生物信息学软件AutoChrom3D和TADLib用于分析Hi-C染色质互作数据和解析染色质三维空间结构。
2、细胞命运关键转录因子的推断:整合转录组、三维基因组、表观组和DNA序列等多组学数据来推断决定细胞命运的关键转录因子及其调控通路,开发相应的生物信息学软件并将其应用于细胞重编程等生物学过程。

发表论文:(#为并列第一作者,*为通讯作者)
1. Xiao-Tao Wang, Wang Cui, Cheng Peng*. HiTAD: detecting the structural and functional hierarchies of topologically associating domains from chromatin interactions. Nucleic Acids Research, 2017, doi: 10.1093/nar/gkx735. (IF 2017: 10.162)

2.Xiao-Tao Wang, Peng-Fei Dong, Hong-Yu Zhang, Cheng Peng*. Structural heterogeneity and functional diversity of topologically associating domains in mammalian genomes. Nucleic Acids Research, 2015, 43(15):7237-7246.(IF 2015: 9.112)

3.Ting Xie#, Jue-Fei Zheng#, Sheng Liu, Cheng Peng, Yong-Ming Zhou, Qing-Yong Yang*, Hong-Yu Zhang. De Novo Plant Genome Assembly based on Chromatin Interactions: A Case Study of Arabidopsis thaliana. Molecular Plant, 2015, 8(3): 489-492.(IF 2015: 6.337)

4.彭城#,李国亮#,张红雨*,阮一骏*,染色质三维空间结构重建及其生物学意义,中国科学C辑:生命科学,2014,44(8):794-802.

5.Cheng Peng#*, Liang-Yu Fu#, Peng-Fei Dong, Zhi-Luo Deng, Jian-Xin Li, Xiao-Tao Wang, Hong-Yu Zhang*. The sequencing bias relaxed characteristics of Hi-C derived data and implications for chromatin 3D modeling. Nucleic Acids Research, 2013, 41(19):e183.(IF 2013: 8.808)

6.Cheng Peng, Teresa Head-Gordon. The Dynamical mechanism of auto-inhibition of AMP-activated protein kinase. PLoS Computational Biology. 2011,7:e1002082.(IF 2011: 5.515)

7.Cheng Peng*, Liqing Zhang, Teresa Head-Gordon*. Instantaneous normal modes as an unforced reaction coordinate for protein conformational transition. Biophysical Journal. 2010,98:2356-2364.(IF 2010: 4.39)
备注 生物信息软件:
AutoChrom3D: http://ibi.hzau.edu.cn/3dmodel/
TADLib: https://pypi.python.org/pypi/TADLib/