陈玲玲 【教授】
姓名 陈玲玲 性别
职称 教授 学位 博士
电话 18971629380 邮箱 llchen@mail.hzau.edu.cn
工作单位 华中农业大学信息学院
研究方向 植物及微生物基因组、转录组分析;代谢及蛋白互作网络构建及分析
教育经历

2001.09-2004.06,  天津大学,      理学院,  博士研究生
     1996.09-1999.06,  青岛化工学院,  化工系,  硕士研究生
     1991.09-1995.06, 青岛化工学院,  化工系,  本科

主要职历

2014.07-至今,      华中农业大学信息学院,             教授 、博士生导师
     2009.02-2014.06,   华中农业大学生命科学技术学院,     教授 、博士生导师
     1999.07-2009.02,   山东理工大学生命科学学院,        历任讲师、副教授
     1995.07-1996.08,   山东滨州印染集团公司,             质检员  

科研成果

近些年主要从事植物及其病原菌基因组组装注释、转录组分析及生物网络建模等方向的研究工作。先后主持国家863子课题两项,国家自然科学基金项目三项,在Nature GeneticsPlant J.Nucleic Acids Res.等国际权威及知名期刊发表SCI论文40余篇,被他人引用500余次。目前指导博士研究生6名,硕士研究生14名,所指导的研究生两人获华中农业大学优秀硕士论文,三人获研究生国家奖学金。 主要学术成就如下:

(1) 甜橙基因组解析项目中,陈玲玲课题组负责基因组注释、转录组分析、重测序数据分析及网站构建工作。甜橙基因组是全世界范围内解析的第一例芸香科植物基因组图谱,约有3万个蛋白编码基因。除了整合已有的ab initio和基于EST、转录组证据进行基因注释外,课题组还开发了一套专门基于RNA-seqRNA-PET数据的蛋白编码基因注释平台,得到了较好的注释结果。发现甜橙基因组中约有一半的基因处于杂合状态,并有显著的橘和柚遗传特征,据此提出了甜橙起源是以柚为母本、橘为父本的二次杂交品种。另外通过基因表达以及基因组比较分析,发现了一个可能在甜橙果实内大量合成维生素C的关键基因。相关研究成果发表在国际权威期刊Nature Genetics上。进一步比较了甜橙单倍体与二倍体基因组的差异,构建了甜橙蛋白相互作用网络,构建了柑橘基因组数据库CAPhttp://citrus.hzau.edu.cn),目前已被80多个国家的相关科研工作者访问16,000余次。

2重新注释并分析了30多种已测序的植物病原菌基因组。针对已测序的30种植物致病细菌注释信息中存在的问题,对它们进行了重新注释,为相关研究者提供了更为精确的注释信息。重新注释信息存贮在DIGAP数据库中(http://ibi.hzau.edu.cn/digap),在此基础上构建了水稻黄单胞菌和胡萝卜软腐欧文氏菌的代谢网络和蛋白互作网络,并针对重要的潜在靶标筛选新型农用杀菌剂先导化合物。上述研究工作在国内外产生了一定影响,相关论文分别发表于FEBS Letters.FEBS J.PLoS OneBMC GenomicsJ. Biomol. Struct. Dyn.等国际知名期刊被引用上百次。

年发表的代表性论文:

1. Chen D, Fu LY, Zhang Z, Li G, Zhang H, Jiang L, Harrison AP, Shanahan HP, Klukas C, Zhang HY, Ruan Y*, Chen LL*, Chen M*. Dissecting the chromatin interactome of microRNA genes.Nucleic Acids Res., 2014, 42(5): 3028-43. (IF=8.808)

2. Wang C, Deng ZL, Xie ZM, Chu XY, Chang JW, Kong DX, Li BJ, Zhang HY, Chen LL*. Construction of a genome-scale metabolic network of the plant pathogen Pectobacterium carotovorumprovides new strategies for bactericide discovery.FEBS Lett., 2014 doi:10.1016/j.febslet.2014.12.010. (IF=3.341)

3. Ding YD, Chang JW, Guo J, Chen D, Li S, Xu Q, Deng XX, Cheng YJ, Chen LL*. Prediction and functional analysis of the sweet orange protein-protein interaction network. BMC Plant Biol., 2014, 14(1): 213. (IF=3.942)

4. Lei Y, Lu L, Liu HY, Li S, Xing F, Chen LL*. CRISPR-P: A Web Tool for Synthetic Single-Guide RNA Design of CRISPR-System in Plants. Mol Plant, 2014, 7(9): 1494-1496. (IF=6.605)

5. Wang J, Chen D, Lei Y, Chang JW, Hao BH, Xing F, Li S, Xu Q, Deng XX, Chen LL*. Citrus sinensis annotation project (CAP): a comprehensive database for sweet orange genome. PLoS One, 2014, 9(1): e87723. (IF=3.534)

6. Guo FB, Lin Y, Chen LL*. Recognition of protein-coding genes based on Z-curve algorithms. Current Genomics, 2014, 15:95-103. (IF=2.868)

7. Xu Q,#, Chen LL #, Ruan X #, et al. The draft genome of sweet orange (Citrus sinensis). Nature Genetics, 2013, 45: 59-66. #Co-first authors. (IF=29.648)

8. Wen-Biao Jiao, Ding Huang, Feng Xing, Yibo Hu, Xiu-Xin Deng, Qiang Xu*, Ling-Ling Chen*. Genome-wide characterization and expression analysis of genetic variants in sweet orange. Plant J., 2013, 75: 954-964. (IF=6.815)

9. Guo J, Li H, Chang JW, Lei Y, Li S, Chen LL*. Prediction and characterization of protein-protein interaction network inXanthomonas oryzae pv. Oryzae PXO99A. Res Microbiol., 2013, 164(10):1035-44. (IF=2.826)

10. Yang Lei, Shou-Kai Kang, Junxiang Gao, Xi-Shuai Jia and Ling-Ling Chen*, Improved annotation of a plant pathogen genome Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A J. Biomol. Struct. Dyn., 2013, 31: 342-350. (IF=2.983)

11. Dijun Chen, ChunhuiYuan, Jian Zhang, Zhao Zhang, Lin Bai, Yijun Meng, Ling-Ling Chen*, Ming Chen*. PlantNATsDB: a comprehensive database of plant natural antisense transcripts. Nucleic Acids Res., 2012, 40: D1187-1193. (IF=8.808)

12. Qian Wang, Yang Lei, Xi-Wen Xu, Gejiao Wang*, Ling-Ling Chen*, Theoretical prediction and experimental verification of protein-coding genes in plant pathogen genome Agrobacterium tumefaciens strain C58. PLoS One, 2012, 7: e43176. (IF=3.534)

13. Gao Z, Meng C, Zhang X, Xu D, Zhao Y, Wang Y, Lv H, Yang L, Chen LL*, Ye N. Differential expression of carotenogenic genes, associated changes on astaxanthin production and photosynthesis features induced by JA in H. pluvialis. PLoS One, 2012, 7(8): e42243. (IF=3.534)

14. Gao J, Chen LL*. Theoretical methods for identifying important functional genes in bacterial genomes. Res. Microbiol., 2010, 161: 1-8. (IF=2.826)

15. Hong-Yu Zhang*Ling-Ling Chen, Xue-Juan Li, Jian ZhangEvolutionary inspirations for drug discovery. Trends Pharmacol Sci., 2010, 31: 443-448. (IF=9.988)

16. Na Gao, Ling-Ling Chen*, Hong-Fang Ji, Wei Wang, Ji-Wei Chang, Bei Gao, Lin Zhang, Shi-Cui Zhang, Hong-Yu Zhang*.DIGAP - a database of improved gene annotation for phytopathogens.BMC Genomics, 2010, 11: 54. (IF=4.041)


备注 2013年入选教育部“新世纪优秀人才支持计划”。
2014年获“华中农业大学第五届先进女教职工”称号。
担任JAEB编委,多次为国内外知名刊物审稿。